霧の総旗艦・ヤマトを目指していたイ401の艦長・千早群像は、父、翔像の生存を知ると、父との再會という新たな目的を抱き北極海へと向かう。一方、メンタルモデルとして成長してきたイオナは、自らの出自を告げられたことでその過去に苦しめられてしまう。